Najwyższa jakość produktów Mlekpolu to m.in. efekt starannego przygotowania procesów związanych z ich produkcją. Regulują je rygorystyczne przepisy i międzynarodowe normy. Wszystkie zakłady Spółdzielni Mleczarskiej Mlekpol spełniają najwyższe standardy i normy opracowane dla producentów żywności – w tym International Food Standard (IFS), system zapewnienia bezpieczeństwa w procesie produkcji żywności – HACCP wg Codex Alimentarius. Ponadto zakłady w Grajewie, Mrągowie, Zambrowie i Kolnie, których eksportowe produkty trafiają – oprócz innych państw docelowych – również do Wielkiej Brytanii, wdrożyły normę British Retail Consortium (BRC), honorowaną w Zjednoczonym Królestwie, ale także w polskich marketach należących do brytyjskich sieci handlowych. Dodatkowo zakłady w Grajewie i Mrągowie posiadają wysoce restrykcyjny certyfikat Kosher, który umożliwia współpracę handlową z Izraelem, jak również certyfikat Halal, ułatwiający sprzedaż wyrobów kontrahentom muzułmańskim. Certyfikat Halal posiadają także zakłady w Zambrowie i Kolnie.
